Priznanja Centru i ljudima koji ga vode:

1. 1995.g.: Specijalna nagrada EUROSITEA i Vijeća Europe, za projekt “Spašavanje malih  močvara na otoku Cresu – očuvanje tradicije i bioraznolikosti”.
2. 1996.g.:  nagrada Charta Rabuziana za znanstveni rad u zaštiti okoliša – dr.sc. Goranu Sušiću.
3. 1997.g.: Srebrna plaketa Državne uprave za zaštitu okoliša RH, za zasluge u očuvanju bioraznolikosti
4. 1998.g.: nagrada Robert Keller koju dodjeljuje Rotary International – District 1910  za sveukupan doprinos zaštiti okoliša u 1998. g. – dr.sc.Goranu Sušiću
5. 2002.g. nagrada Development marketplace, Eko-centru kao finalistu (5% najboljih) između 2400 projekata iz cijelog svijeta na Innnovation Competition of the World Bank Group
6. 2005.g. Zahvalnica Grada Cresa Eko-centru za razvoj eko-turizma
7. 2009.g. Posebno priznanje međunarodne organizacije Foreste per Sempre/Forest forever, za doprinos zaštiti šuma i njene bioraznolikosti: mag.exp.biol. Vesni Radek i dr.sc.Goranu Sušiću
8. 2009.g. priznanje Grada Cresa mag. exp. biol. Vesni Radek „Pro Insula“, za sveukupan rad na edukaciji i zaštiti bioraznolikosti, kao i za promociju Grada Cresa u svijetu.
9. 2010.g. priznanje Grada Cresa dr. sc. Goranu Sušiću „Pro Insula“, za sveukupan rad na zaštiti bjeloglavih supova, na proučavanju i zaštiti bioraznolikosti, kao i za promociju Grada Cresa u svijetu.
10. 2010.g. priznanje HTZ-a i Ministarstva turizma RH „Plavi cvijet“, za ekoturistički program, odnosno najbolju prezentaciju prirodnog nasljeđa u turizmu
11. 2011.g. organizacija Skål Club International je projekt Eko-centra pod nazivom „Ekoturizam na Tramuntani kao metoda zaštite prirodnog i kulturno-povijesnog nasljeđa”, u kategoriji “General Countryside” proglasila najboljim na svijetu.
12. 2011.g. Zahvalnica Grada Cresa Eko-centru za programe zaštite prirodnog i kulturno-povijesnog nasljeđa.